Prvi projekat je “Development of Regional Joint Master Program in Maritime Environmental Protection and Management” koji u saradnji sprovode Pomorski fakultet Kotor i Institut za biologiju mora, i na kome Univerzitet Crne Gore ima koordinatorsku ulogu. Glavni cilj ovog regionalnog projekta je edukacija stručnjaka za zaštitu i upravljanje morskom životnom sredinom (MEPM) u zemljama partnerima Zapadnog Balkana (Crna Gora i Albanija).
Edukacija mladih stručnjaka iz ove oblasti izvršiće se kroz razvoj i primjenu novog interdisciplinarnog master programa u oblasti MEPM-a koji će trajati dvije godine (120 ECTS) i biće organizovan na engleskom jeziku. Ukupni budžet ovog projekta iznosi 845.188,00 eura. Pored Univerziteta Crne Gore u projektu učestvuju nacionalni partneri Agencija za zaštitu prirode i životne sredine Crne Gore i NVO Eko Centar Delfin iz Kotora, kao i partnerski univerziteti iz zemalja Evropske unije Univerzitet u Ljubljani, Univerzitet u Kadizu i Univerzitet Azurna obala iz Nice.
Drugi projekat u kome učestvuje Institut za biologiju mora je regionalni projekat “Educational Capacity Strengthening for Risk Management of Non-native Aquatic Species in Western Balkans”. Ovaj projekat se realizuje u saradnji sa Prirodno-matematičkim fakultetom iz Podgorice, i na ovom projektu Univerzitet Crne Gore je partnerska institucija, dok je koordinator Univerzitet Mugla Sitki Kocman iz Turske. Ostali partneri na projektu su Univerziteti iz Palerma, Zagreba, Sarajeva, Tirane, Bihaća, instituti i nevladine organizacije iz Ohrida, Albanije, Grčke, kao i dva pridružena partnera iz Turske. Glavni cilj projekta je jačanje obrazovnog kapaciteta za upravljanje rizikom ne-nativih, odnosno stranih i invazivnih vrsta u regionu Zapadnog Balkana (Albanija, Bosna i Hercegovina, Crna Gora), promovisanjem obrazovanja zainteresovanih strana i studenata visokog obrazovanja i podsticanjem saradnje među ciljnim zemalja. Pored kurseva koji će se razviti specifično za određene zainteresovane strane i za student master studija, u okviru projekta će se razviti i model upravljanja rizikom za strane i izvazivne vrste za zapadni Balkan. Ukupni budžet ovog projekta iznosi 805.030,00 eura.